如果已经在 Windows NT/2000/XP 平台下开发了用户软件，则大多数情况下选用 Windows XP 嵌入式操作系统较合适，这样可以避免重复开发。

如果应用程序准备从已有的程序中进行扩展，则可从 Windows CE 和 Windows XP 嵌入式操作系统中自由选择，因为微软的开发工具 Visual Studio 支持两种操作系统。

即使是复杂的图形应用程序也可在 Windows CE 中编程实现。

对于 TwinCAT 实时运行功能而言，Windows CE 和 Windows XP 嵌入式操作系统没有区别。